凡與電腦資訊科學領域相關且為非個人的常設學術研究機構均可歸為此類。
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- MOICA內政部憑證管理中心 自然人憑證專屬網站，提供各種憑證、IC卡應用資訊、RAC憑證申辦作業、相關法規資料、讀卡機選購資訊等。
- 中華民國電子化政府 -- 網路安全危機處理研發中心 GSN-CERT/CC乃於民國87年由行政院研究發展考核委員會（研考會）委託國立交通大學資訊工程學系執行，並於民國88年正式成立。
- 多媒體暨網路安全實驗室 由張真誠教授領導，張教授對於資料庫設計、電子多媒體影像技術、電腦密碼學、電子商務安全等領域有卓越的研究貢獻。目前為國際電子電機工程師學會 (IEEE)院士與英國電機工程師學會 (IEE)院士。
- 中央研究院資訊科學研究所 其研究重點包含中文資訊處理、自然語言理解、文件分析與辨識、電腦通訊與網路、電腦圖學、多媒體系統、智慧代理人、電腦視覺、影像處理及圖形識別、演算法設計與分析、平行及分散式運算、網路計算環境、網路內容管理與XML、網路與軟體安全、正規驗證、機器人學等。
- 國家高速網路與計算中心 國家實驗研究院高速網路與計算中心，簡稱為「國網中心」。
- 中華電信研究所 隸屬於中華電信股份有限公司，研發網路通訊等相關技術。
- 國立清華大學「電腦與通訊科技研發中心」 國立清華大學「電腦與通訊科技研發中心」（簡稱電通中心）成立於民國八十三年九月。
- 中華民國電腦稽核協會 協會主要任務在於推動電腦稽核及系統控制安全之學術研究發展、協助制訂電腦稽核、控制、安全之標準、協助企業強化電腦系統之控制與電腦稽核功能、與國際電腦稽核相關組織作資訊及技術之交流。
- 逢甲資訊安全實驗室 由李維斌老師帶領，成員有博士班、碩士班及在職專班數十人。
- 財團法人電信技術中心 於93年2月成立，以促進資訊通訊產業蓬勃發展為目標，提供電信產品檢測驗證及顧問諮詢服務。
- 中央大學人工智慧與圖形識別實驗室 本實驗室指導老師為范國清教授與范子儀教授,研究領域為生物認證,影像處理,文件分析,數位圖書館等。
- 國立政治大學人工智慧經濟學研究中心 以人工智慧或計算智慧，研究二十一世紀的經濟學與財務相關議題。
- 創意多媒體高互動與學習智慧實驗室 台灣中央大學網路學習科技研究所黃武元老師的實驗室網站。
- 中央研究院資訊科學研究所中文資訊處理實驗室 研究領域為中文語言處理之資訊科技相關技術。
- 中山大學創新智慧資訊系統實驗室 由李宗南教授指導，研究領域為Bioinformation、Intelligent Appliances、Java computing。
- 雲林科技大學智慧型資料庫系統實驗室 由許中川教授指導，研究領域為資訊技術於行銷資料之應用、資訊技術於醫療資料之應用、資訊技術於財務資料之應用、資訊技術於知識管理之應用、視覺化資料分析與探勘、資料探勘技術研發。
- 國立中山大學超大型積體電路設計實驗室 研究領域主要研發之晶片領域包括數位IC，類比IC，混合訊號IC，與無線通信週邊電路等，主要應用系統之領域包括數位電視接收器、顯示器控制器、植入式生醫晶片系統、與變頻器馬達控制器。
- 台大通訊與多媒體實驗室 台大通訊與多媒體實驗室成立的動機係針對「媒體多樣化，通訊網路化」的趨勢及國內外對多媒體相關技術之強烈需求，故選擇—通訊與多媒體技術—為主要研究領域。
- 高雄師範大學 網路安全實驗室 楊中皇教授主持, 專長於密碼學、資訊安全、網路安全等。
- 國立中興大學資料挖掘與電子商務實驗室 著重在資料庫效能調校之研究、XML資料庫之研究、無線通訊之研究、資料挖掘之研究。
- 平行暨分散式系統實驗室 由金仲達老師主持，研究領域為Pervasive/Ubiquitous computing 遍行無礙計算與Peer-to-peer computing 點對點計算。
- 成功大學資訊安全實驗室 研究資訊網路安全、生物特徵辨識、入侵偵測系統、串流簽章技術、量子密碼學。
- 國立台南大學知識本體應用暨軟體工程實驗室 本實驗室的研究方向包含了網際網路應用,知識管理,人工智慧,健康照護。
- 工研院資訊與通訊研究所 源自於1990年自電子所衍生成立的電腦與通訊工業研究所，自2006年1月1日起因應工研院組織調整正式更名，簡稱資通所。以IT-enabled Services為策略思考方向，四大研發技術主軸：全IP電信網路及服務、寬頻無線通訊、行動數位生活、無線感測網路。
- 國立成功大學網路探勘暨跨語知識系統實驗室 成立於2004年7月，由盧文祥老師所帶領，主要研究方向為網路知識擷取與資訊檢索技術。
- 中央大學資料庫實驗室 由劉寶鈞教授、陳國棟教授和洪炯宗教授合作，本實驗室現有專任教師四位，兼任教師一位，博士班研究生七位，碩士班研究生十八位。
- 清華大學即時系統實驗室 由石維寬老師主持，研究即時系統設計、無線及個人通訊系統、網際網路技術、多媒體系統。
- 清華大學自然語言處理實驗室 自然語言系統實驗室成立於1988年，進行各項自然語言相關軟體技術的研發。主要的研究項目包含文字校對，資訊檢索系統及機器翻譯系統。