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- Instituto de Psicología y Educación Realiza investigaciones en psicología y ciencias afines aplicables a la educación, en las áreas de educación especial, orientación vocacional, hábitos de estudio y otros servicios psicoeducativos.
- Instituto de Contaduría Pública Realiza trabajos de investigación, actualización y difusión en su campo y ofrece asesoría a instituciones privadas y oficiales en cuestiones financieras, de inversiones y auditoría.
- Instituto de Investigaciones Históricas-Sociales Difunde los resultados de las investigaciones a través de sus publicaciones, buscando propiciar la ampliación y profundización de la formación teórico-metodológica de su personal académico y de sus colaboradores.
- Instituto de Investigaciones en Educación Se encarga de realizar investigaciones en el campo de la educación que respondan a necesidades detectadas en torno a formación docente, currículum, orientación educativa, servicio social y vinculación docencia-investigación.
- Instituto de Investigaciones Lingüistico-Literarias Realiza investigaciones en las áreas de lingüística y literatura hispanoamericana, en particular de México.
- Instituto de Investigaciones Biológicas Enfoca sus actividades a las áreas de investigación en biología molecular, biología de la reproducción, biología vegetal, microbiología, zoología, investigación y manejo de sistemas acuáticos.
- Instituto de Neuroetología Realiza estudios sobre la conducta humana y de los animales, dirigidos a comprender los mecanismos fisiológicos que generan el comportamiento que éstos despliegan en respuesta a las condiciones de su ambiente.
- IIESES Instituto de Investigaciones y Estudios Superiores Económicos y Sociales.
- Instituto de Antropología Tiene como tareas principales rescatar y difundir diversas manifestaciones culturales, preservar las expresiones materiales legadas por los antiguos mexicanos y promover cambios socioeconómicos en las sociedades marginadas.
- IIESCA Instituto de Investigaciones y Estudios Superiores de las Ciencias Administrativas.
- Instituto de Ciencias Básicas Su función consiste en realizar trabajos de investigación en las áreas de farmacología, matemáticas aplicadas, química, computación y tecnología de alimentos.
- Instituto de Ciencias de la Salud Promueve, planifica y difunde la investigación en el campo de las ciencias de la salud.
- Instituto de Investigaciones Psicológicas Desarrolla investigación básica y aplicada sobre el comportamiento humano y su vinculación con factores sociales, culturales y biológicos, que contribuyan a la comprensión integral del hombre.
- Instituto de Investigaciones Jurídicas Lleva a cabo investigaciones científicas en los diversos campos del derecho y difunde a la comunidad los conocimientos en él producidos en las diferentes áreas de las ciencias jurídicas.
- Instituto de Salud Pública Identifica y analiza los problemas derivados de las políticas globales y sectoriales de salud, planteando alternativas adecuadas al ámbito regional y local.